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L’opération se déroule dans le laboratoire de l'Institut de recherche médicale du Kenya, consacré, auparavant, au séquençage du génome à des projets de recherche. Le laboratoire de Kilifi dessert aujourd’hui cinq pays et fait partie du réseau continental de douze laboratoires mis en place pour améliorer la surveillance des agents pathogènes dans la région grâce au séquençage du génome. Il séquence jusqu'à deux cents échantillons par semaine, bien qu'il puisse en traiter jusqu'à sept cents. Le séquençage du génome est essentiel à la lutte contre la covid-19, car il permet aux gouvernements et aux autorités sanitaires de prendre des décisions rapides et éclairées en matière de santé publique, telles que des mesures visant à renforcer la préparation à d'éventuelles flambées épidémiques dues à des variants plus infectieux ou à intensifier la vaccination, le diagnostic et le traitement. « À partir d'une séquence, nous apprenons l'histoire du virus, ce qui nous aide à comprendre les schémas de transmission et à savoir comment empêcher [la covid-19] de se propager », a expliqué le Dr George Githinji, chef d'équipe de la surveillance génomique à l'Institut de recherche médicale du Kenya. Le laboratoire kényan a produit plus de huit mille séquences depuis avril 2020, à partir d'échantillons provenant des Comores, d’Eswatini, d'Éthiopie, des Seychelles, du Soudan et du Kenya.
Sur recommandation de l’Organisation mondiale de la santé (OMS), un quart de ces échantillons liés à la covid-19 a été envoyé par les cinq pays de la sous-région. Dr Nicksy Gumede-Moeletsi, virologue au Bureau régional de l'OMS pour l'Afrique, a souligné que « plus, il y a de séquences, mieux c'est. Comme le virus mute en permanence, il est important que des échantillons provenant de tout le continent soient régulièrement séquencés afin que nous puissions comprendre le SRAS-CoV-2 au fur et à mesure de son évolution ». Le séquençage est un processus onéreux, lorsque les échantillons sont envoyés de l'étranger. L'expédition seule peut coûter jusqu'à cinq cents dollars pour chaque livraison. A cela s’ajoute une multitude d'autorisations avant de pouvoir procéder aux livraisons. « L'OMS agit comme un courtier, facilitant les accords, naviguant dans les douanes, gérant la paperasserie et organisant la logistique », a expliqué le Dr Juliet Nabyonga, représentante par intérim de l'OMS au Kenya. « Nos équipes travaillent avec les gouvernements et les laboratoires pour accélérer les processus administratifs afin que les échantillons puissent arriver froids et intacts », a indiqué Nicksy Gumede-Moeletsi, virologue au Bureau régional de l'OMS pour l'Afrique.
Séquençage du génome : vers l’autosuffisance du continent
Les pays africains progressent vers l'autosuffisance en matière de séquençage du génome. Après une formation de l'OMS, l’Eswatini séquence désormais ses propres échantillons de covid-19. Les Comores sont sur le point de le faire. Le laboratoire de Kilifi, au Kenya, est prêt à former des techniciens de laboratoire d'Éthiopie et de Tanzanie. Le Tchad, Maurice, la Namibie et le Zimbabwe, qui envoyaient auparavant leurs échantillons à des laboratoires de référence régionaux situés en dehors de leur territoire, disposent désormais de leurs propres laboratoires de séquençage. Grâce à l’aide de l’OMS, les pays africains vont accroître leurs capacités de séquençage existantes ou acquérir de nouvelles compétences. Au début de l'année 2021, seulement cinq mille séquences avaient été produites à l'échelle du continent. Aujourd'hui, les laboratoires africains ont généré les profils génétiques de plus de 93 000 échantillons de SRAS-CoV-2. « Nous avons renforcé nos capacités d'analyse en matière de bio-informatique. Nous pouvons tirer beaucoup de synergie et de force en nous concentrant sur les agents pathogènes d'intérêt, en établissant des collaborations et en soutenant l'analyse », a déclaré le Dr Githinji, de l'Institut de recherche médicale du Kenya, à Kilifi. Au-delà de la covid-19, le séquençage du génome peut révolutionner la santé publique et transformer les réponses à d'autres menaces sanitaires majeures. Au cours des deux dernières décennies, le séquençage du génome a joué un rôle essentiel pour lutter, entre autres, contre le VIH, la tuberculose, le virus Ebola, la polio, la rougeole et l'hépatite B et C en Afrique.
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